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用户数据注释进化树
昨天发图片,被微信吃掉了,实在抱歉。
最新的一个问题,大致讲他有两个trait, A和B,想拿A来给label上色,B来画热图。
加载用户数据我们有%<+%
操作符,热图有gheatmap
函数。
我给了他一个简单的例子:
library("ggtree")
nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio")
tree <- read.tree(nwk)
n <- Ntip(tree)
set.seed(123)
df <- data.frame(label = tree$tip.label, traitA = sample(letters[1:3], n, replace=T), traitB = sample(LETTERS[5:8], n, replace=T))
row.names(df) <- df[,1]
p1 <- ggtree(tree) %<+% df + geom_tiplab(aes(color=traitA))
gheatmap(p1, df[,"traitB", drop=FALSE], offset = 0.8, width=0.1)
效果如下: